В 1959 г. здание Храма Посещения Пресвятой Девой Марией Елизаветы было передано отделу физических исследований ЦНИЛЭ. Именно это учреждение, в процессе приспособления здания под собственные нужды, произвело в нем наибольшие изменения, было утрачено завершение колокольни и внутренняя планировка костёла.

В апреле 2002 года здание церкви возвращено католикам в крайне запущенном состоянии и только в 2016 году начались реставрационные работы.

Храм Посещения Пресвятой Девой Марией Елизаветы - единственная церковь, возведенная Николаем Бенуа.